De Stichting Dr. Abraham Kuyperfonds is als onafhankelijk fonds in 1980 in het leven geroepen. Met de oprichting van het CDA als politieke partij zijn de wetenschappelijke bureaus van de oprichtende partijen, ARP, KVP en CHU, samengevoegd tot het Wetenschappelijk Instituut voor het CDA. Aan het wetenschappelijk bureau van de Anti-Revolutionaire Partij − de ARP of kortweg de AR − was een aantal legaten nagelaten met een specifieke wetenschappelijk-maatschappelijke en niet- politieke doelstelling. Om de intenties van de gevers veilig te stellen werd tegelijkertijd een onafhankelijk fonds opgericht zonder banden met enige politiek partij, kerkgenootschap of andere institutie. Het Kuyperfonds beschikt daarom ook over een eigen vermogen. De stichting heeft de naam van de oprichter van de ARP gekregen, Dr. Abraham Kuyper.
De eerste voorzitter was Prof. Mr. P.H. Kooijmans (1980-1993). Hij werd opgevolgd door Dr. Ir. W.F. Schut (1993) en Prof. Mr. J. de Ruijter (1993-2010). De huidige voorzitter is Prof. Mr. A. Soeteman.